Αν και ο πρόσφατος νόμος 4182/2013 περί “Κοινωφελών Περιουσιών” προβλέπει ότι η διεξαγωγή οικονομικών ελέγχων είναι υποχρέωση των αρμόδιων Δημόσιων Υπηρεσιών και ορίζει ότι η διενέργειά τους από τα Ιδρύματα είναι προαιρετική, το Αφεντάκειο Κληροδότημα, απαρέγκλιτο από τη βασική αρχή του Δ.Σ. του για πλήρη διαύγεια σε κάθε του ενέργεια, προχώρησε στην εφαρμογή του και για τη διαχειριστική χρήση των ετών 2015-2016. 
Ο έλεγχος διεξήχθη από τη γνωστή εταιρεία ορκωτών ελεγκτών λογιστών ABACUS ΟΡΚΩΤΟΙ ΕΛΕΓΚΤΕΣ ΛΟΓΙΣΤΕΣ Α.Ε. και η σχετική έκθεση παραδόθηκε στο Δ.Σ. του Ιδρύματος και ακολούθως στην εποπτεύουσα αρχή του. Στο πλαίσιο της απόλυτης διαφάνειας στη λειτουργία του Αφεντακείου, η έκθεση του ελέγχου, όπως και όλα τα οικονομικά στοιχεία του των τελευταίων ετών, βρίσκονται δημοσιευμένα στον ιστότοπό του, διαθέσιμα για κάθε ενδιαφερόμενο.
